El Instituto Nacional de Ecología y el INEGI, tienen una clasificación ecogeográfica de cuencas hidrográficas a nivel municipal. Existe la región hidrológica en la región, la numero 28 denominada Papaloapan con 18 cuencas.

Para el caso de la región Coatzacoalcos Minatitlán, que está integrada por 33 municipios, los ríos más importantes son: Los principales ríos de la región son: Coatzacoalcos, Tonalá, San Juan Papachote, Uxpanapa, Agua Dulce y Chacalapa Calzadas, San Juan Grande de Catemaco, Coxcoapan, Coetzala, Ahuacapan y Hueyapan.

Las lagunas más importantes son: Laguna El Ostión, El Manatí, Carolino Anaya, Mezcalapa, El Tortuguero, la Presa Cangrejera, Laguna de Catemaco, de Sotecomapan, Esmeralda, Pizatal y Laguna Grande de acuerdo a datos de la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA).

En la región de los 33 municipios que la conforman solo 18 cuentan con plantas de tratamiento. Existen 67 plantas de tratamiento según datos del Anuario estadístico del estado de Veracruz para el año 2010. El municipio con mayor número de plantas es Coatzacoalcos (26), el resto de los municipios tiene entre 1 y 3 plantas de tratamiento.

La planta de tratamiento que más volumen trata está ubicada en el municipio de Coatzacoalcos al tratar 33.48 miles de metros cúbicos, seguido del municipio de Minatitlán con 12.99 y Hueyapan de Ocampo con 11.51 de volumen tratado.

Las plantas de tratamiento se clasifican de acuerdo a servicio según nivel de tratamiento; el primario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es eliminar por medios físicos contaminantes, tales como: aceites, grasas, arenas, sólidos gruesos e igualar el pH, el secundario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es la eliminación de la materia orgánica biodegradable y los sólidos suspendidos presentes en las aguas residuales de origen municipal e industrial, en la mayoría de los casos incluye la desinfección, y por último el terciario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es proporcionar una etapa final para remover nutrientes, metales pesados u obtener agua para reusar en los procesos industriales.

Esta etapa permite aumentar la calidad del afluente al estándar requerido antes de su descarga al cuerpo receptor (mar, río, lago, campo, etc.).

El volumen de residuos sólidos urbanos recolectados en la región para el año 2010 fue de 945 mil toneladas.

Esa cantidad de residuos es recolectada por 319 vehículos de motor entre público y privados. Existen 58 hectareas en la región destinadas para los rellenos sanitarios, es en los municipios de Acayucan, Ixhuatlán del sureste, Mecayapan y San Andrés Tuxtla donde existen rellenos sanitarios.