El Instituto Nacional de Ecología y el INEGI, tienen una clasificación ecogeográfica de cuencas hidrográficas a nivel municipal. Existe en la región la numero 28 denominada Papaloapan y conformada por 18 cuencas.

Para el caso de la región Veracruz, que está integrada por 24 municipios, los ríos más importantes son: Papaloapan, Tesechoacán, La Antigua, Jamapa, Mandinga Grande y San Juan Torno.

Las lagunas más importantes son: Laguna Chalpan, Camaronera, Mandinga, Redonda, De Rojas, De las Piedras, Pajarillo y Tlalixcoyan, El Plan, El Salado, Las Cañas, Jolote, Las Isletas, Los Cerros y El Chino de acuerdo a datos de la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA).

En la región de los 24 municipios que la conforman solo 17 cuentan con plantas de tratamiento. Existen 62 plantas de tratamiento según datos del Anuario estadístico del estado de Veracruz para el año 2010. Los municipios con mayor número de plantas son Veracruz (20), Boca del Río y Medellín (7) el resto de los municipios tiene entre 1 y 4 plantas de tratamiento.

La planta de tratamiento que más volumen trata está ubicada en el municipio de Veracruz al tratar 30.33 miles de metros cúbicos, seguido del municipio de Lerdo de Tejada con 26.9 mm³.

Las plantas de tratamiento se clasifican de acuerdo a servicio según nivel de tratamiento; el primario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es eliminar por medios físicos contaminantes, tales como: aceites, grasas, arenas, sólidos gruesos e igualar el pH, el secundario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es la eliminación de la materia orgánica biodegradable y los sólidos suspendidos presentes en las aguas residuales de origen municipal e industrial, en la mayoría de los casos incluye la desinfección, y por último el terciario se refiere a las plantas de tratamiento cuyo objetivo es proporcionar una etapa final para remover nutrientes, metales pesados u obtener agua para reusar en los procesos industriales.

Esta etapa permite aumentar la calidad del afluente al estándar requerido antes de su descarga al cuerpo receptor (mar, río, lago, campo, etc.).

El volumen de residuos sólidos urbanos recolectados en la región para el año 2010 fue de 361 mil toneladas.

Esa cantidad de residuos es recolectada por 117 vehículos de motor entre público y privados. Existen 154 hectáreas en la región destinadas para los rellenos sanitarios.