En nuestra Facultad, las Academias se organizan por área de conocimiento de acuerdo a las líneas que marca el Plan de Estudios vigente:
| Academia | Coordinador |
| Formal | Dr. Emilio Alfonso Suarez Domínguez |
| Infraorganismica | Dra. Mayvi Alvarado Olivares |
| Organísmica | Dr. Salvador Guzmán Guzmán |
| Supraorganísmica | Dra. Angelina Ruiz Sánchez |
| Biotecnología | Dr. José Armando Lozada García |
| Hidrobiología | Dra. Elizabeth Valero Pacheco |
| Bioconservación | Dra. Ana Isabel Suárez Guerrero |
| Terminal | Dra. Celia Cecilia Acosta Hernández |
| Otras coordinaciones | Coordinador / Representante |
| Prácticas Extramuros | Dr. Oscar Méndez |
| Tutorías | Dra. María del Carmen Ramírez Benítez |
| Plan de estudios (Seguimiento y evaluación) | M. en C. Antonio Heriberto Maruri García |
| Cosustenta | M. en C. Yadeneyro De la Cruz Elizondo |
| Unidad de Género | Dra. Elvira Morgado Viveros |
