En nuestra Facultad, las Academias se organizan por área de conocimiento de acuerdo a las líneas que marca el Plan de Estudios vigente:
| Academia | Coordinador |
| Formal | Dr. Erick Joaquín Corro Méndez |
| Infraorganismica | Dra. Mayvi Alvarado Olivares |
| Organísmica | Dr. Héctor Daniel López Calderón |
| Supraorganísmica | Dra. Angelina Ruiz Sánchez |
| Biotecnología | Dr. Julio César Castañeda Ortega |
| Hidrobiología | Dra. Elizabeth Valero Pacheco |
| Bioconservación | M. em C. Joaquín Jiménez Huerta |
| Terminal | Dra. Ana Isabel Suárez Guerrero |
| Otras coordinaciones | Coordinador / Representante |
| Prácticas Extramuros | Dr. Erick Joaquín Corro Méndez |
| Tutorías | Dr. Héctor Daniel López Calderón |
| Plan de estudios (Seguimiento y evaluación) | M. en C. Joaquín Jiménez Huerta |
| Cosustenta | Dr. Benito Hernández Castellanos |
| Unidad de Género | Dra. Elvira Morgado Viveros |
