- Diversidad, distribución, ecología, conservación y sistemática de las plantas epífitas
- Estudio de impacto antrópico sobre la diversidad vegetal y alteración de procesos ecológicos.
- Ecología y sistemática de helechos y licopodios.
- Ecología de la conservación y restauración de ecosistemas tropicales.
- Ecología y evolución de las interacciones planta-insecto.
- Diversidad, distribución, uso de hábitat y conservación de murciélagos y roedores en habitats tropicales.
- Descripción y análisis de los sonidos de ecolocalización de especies de murciélagos neotropicales.
- Programación in vitro y conservación de orquídeas.
- Establecimiento de bancos de germoplasma vegetal para el fomento de la diversificación de cultivos en el trópico mexicano.
- Ecofisiología vegetal y diversidad funcional de bosques húmedos de montaña y bosques secos del trópico.
- Desarrollo de estrategias reforestación con especies nativas de importancia ecológica, cultural y económica en el trópico.
- Patrones de diversidad de plantas a lo largo de gradientes de elevación y disturbios antropogénicos, inventarios florísticos y patrones de distribución de diferentes grupos de plantas.
- Microbioma intestinal y adaptaciones fisiológicas de roedores
- Salud, parasitismo intestinal y fisiología del estrés en primates silvestres.
- Conservación de primates neotropicales
- Ordenamiento Territorial y Gestión de las Áreas Naturales Protegidas