Archivo Histórico de la Universidad: En el se agrupan los registros históricos de más de 50 años de educación media y superior en la entidad, abarcando del año 1916 a 1970, se encuentran en 568 cajas archivadoras y su rica y variada temática comprende: actas de consejo universitario, creación de entidades académicas y dependencias administrativas, planes y programas, informes de labores estadísticas, correspondencia con instituciones educativas y gubernamentales, actividades de difusión y muchos otros y en suma refleja una parte del desarrollo de las funciones sustantivas. Debe señalarse que este fondo es el de mayor valor de nuestro acervo porque da cuenta de las transformaciones y desarrollo de la educación superior, pasando por el Departamento Universitario, los años fundacionales de la universidad y el crecimiento de la misma en sus primeras 3 décadas.
Archivo Histórico de Personal: Esta formado por 2 grandes secciones: los expedientes de quienes laboraron en escuelas de educación media, superior y el Departamento Universitario, generados, de 1916 a 1944, además de los expedientes de quienes trabajaron para la universidad a partir del año 1944 y hasta el año 1983, constando este fondo de gran riqueza informativa de un total de 6,388 expedientes.
Proyectos concluidos de la Dirección General de Investigaciones: Este fondo agrupa los trabajos que son productos de los proyectos de investigación de académicos de 18 institutos, un Centro de investigación, el Museo de Antropología y docentes de diferentes facultades de las 6 áreas académicas en un periodo que va de 1988 a 1997, así contiene informes parciales y finales, reportes técnicos, artículos, capítulos de libros y otros textos fruto del desarrollo de los proyectos.
Dirección General de Investigaciones: Esta integrado por 21 secciones que corresponden a igual número de entidades de investigación y va del año 1979 al año 1991, la información que aporta es sobre asuntos académicos como actas de acuerdos de cuerpos colegiados, informes generales e individuales, reportes técnicos, proyectos de investigación, eventos académicos, nombramientos, años sabáticos, correspondencia y otras más.
Radio Universidad: La información de este fondo se refiere a la actividad de esta dependencia entre los años 1974 y 1993, su temática gira principalmente en torno a guiones radiofónicos, programación, informes, proyectos y boletines radiofónicos, spots, correspondencia y algunos otros, está depositado en 17 cajas archivadoras y suman 431 expedientes.
Fondo Fotográfico: Es un fondo en proceso de formación que ya se encuentra catalogado, en suus imágenes son evidentes las actividades desarrolladas en diferentes áreas de la universidad de los años 1943 a la década de los 90 y está integrado en esta primera fase por 750 fotografías.
Fondos Rectores y Secretaría académica: El primero tiene una periodicidad de 1993 a 2011 y el segundo de 1994 a 2011, ambos se encuentran actualmente en proceso de clasificación, por lo cual aun no están disponibles para la consulta. Entre la variedad informativa que contienen se encuentran temas como: informes, planes y programas de trabajo de entidades y dependencias, planes de estudio, estadísticas, convenios, ternas para cambios de direcciones, eventos académicos, intercambio con otras instituciones, correspondencia con instancias educativas estatales y federales y varios más.
Fondo Marco Antonio Muñoz Turnbull: Este se conforma por una parte de documentos y otra de publicaciones, los primeros corresponden a fines de los años 60 y la década del 70, y su contenido se enfoca en temas sobre la historia de la industria azucarera en México y sobre la vida del Lic. Muñoz Turnbull quien fuera el gobernador del estado y funcionario del ramo azucarero. Las publicaciones son de una variada temática: literatura, historia, economía, agroindustria, ciencias políticas, etc., este fondo está en proceso de catalogación.
La mayor parte de los fondos históricos con excepción de los últimos tres mencionados están disponibles para la consulta conforme a los procedimientos establecidos. Además de los fondos ya descritos, existen varias agrupaciones de documentos que permitirán la formación de nuevos fondos como: Oficina del Abogado General, Facultad de Historia, Secretaría de Administración y Finanzas, y Dirección de Egresos.
