- Contribuir a la conservación y mejoramiento de la agrobiodiversidad y del agua.
- Contribuir a la generación de alternativas sustentables e innovadoras de producción de alimentos saludables que fortalezcan la autonomía alimentaria.
- Fortalecer la dinámica de mercados locales y esquemas alternativos de mejora económica en el ámbito regional y nacional.
- Formular propuestas de políticas públicas, con base en los resultados de investigación, relacionadas con la agrobiodiversidad, con respeto a los derechos humanos y culturales de los pueblos originarios.
- Crear y consolidar redes de investigación interdisciplinarias a nivel nacional e internacional relacionadas con el conocimiento, manejo, conservación y mejoramiento de la agrobiodiversidad y diversidad biocultural.
- Realizar acciones de vinculación con pueblos originarios, productores, autoridades de los tres órdenes de gobierno y organizaciones de la sociedad civil.