Delimitar especies presenta retos complejos, especialmente en aquellos casos donde la divergencia genética no se acompaña de diferencias morfológicas claras. Así, mientras tratamos de comprender esas relaciones filogenéticas, muchas especies de mamíferos están cada vez más amenazadas debido a presiones antropogénicas. En el género Xerospermophilus, compuesto por ardillas de tierra adaptadas a hábitats áridos en EE. UU. y México. Dentro de este grupo, X. perotensis en una especie microendémica de México en peligro de extinción y presenta incertidumbres taxonómicas. Por otra parte, la fragmentación del hábitat y la reducción de poblaciones aumentan el riesgo de extinción para X. perotensis, por lo que es urgente definir sus límites específicos y comprender los factores que afectan su viabilidad genética. El presente estudio propone una revisión exhaustiva del complejo X. spilosoma, abordando tres objetivos principales: 1) explorar la delimitación de especies en el género mediante análisis filogenéticos y de nicho ecológico, 2) clarificar las relaciones evolutivas en Xerospermophilus para entender su diversificación, y 3) evaluar la variabilidad genética de X. perotensis y su demografía histórica. Estos datos informarán estrategias de conservación que aseguren la conectividad genética y preserven la adaptabilidad de la especie frente a cambios ambientales. Se espera comprender la historia evolutiva de la especie y en la conectividad genética de su población, identificando las variables ambientales y de paisaje clave para su diversidad genética. Los hallazgos servirán para diseñar estrategias de conservación efectivas, centradas en preservar la variabilidad genética y adaptativa de X. perotensis.