El día 6 de Octubre del 2006, el Dr. Raúl Arias Lovillo, Rector de la Universidad, con fundamento en lo dispuesto por los artículos 11 fracción XXI, 25 fracciones I y VI, 35 y 38 fracciones I y XIX de la Ley Orgánica de esta Institución, emitió un ACUERDO para adicionar con un Título Séptimo al Estatuto General de nuestra máxima Casa de Estudios mediante el cual creó el órgano independiente denominado Defensoría de los Derechos Universitarios; dicho acuerdo fue sometido al conocimiento del H. Consejo Universitario el día 23 de noviembre de 2006, habiendo sido aprobado.
En esta misma sesión ordinaria fue designado el Dr. Emilio Gidi Villarreal como Defensor de los Derechos Universitarios.
El día 7 de mayo de 2007 el H. Consejo Universitario aprobó modificaciones al Estatuto General en el Título relativo a la Defensoría de los Derechos Universitarios y expidió el Reglamento de la misma.