El mapa curricular está organizado bajo la premisa de que el Doctorado en Investigaciones Cerebrales sea de dedicación de tiempo completo y dirigido de manera específica al campo de la investigación científica básica. Plantea ocho periodos, de los cuales, los primeros cuatro estarán enfocados a la docencia frente a grupo (área básica), pero con actividades importantes de práctica científica. Los últimos cuatro estarán dirigidos, mayoritariamente, al trabajo científico.
El alumno desarrolla su proyecto de investigación desde el primer semestre bao la guía de su director académico o incluso durante estancias a través de becas o convenios. En detalle, las actividades propias del programa se concentran en los siguientes puntos:
Actividades académicas: El alumno deberá cumplir satisfactoriamente con actividades académicas tales como clases, cursos, seminarios, de divulgación de la ciencia, etc.
Trabajo de investigación: Consiste en la elaboración, propuesta y desarrollo de un proyecto de investigación original. El progreso del estudiante se realizará con apoyo de un comité tutorial, que lo asesorará en los aspectos de elaboración y discusión de los enfoques y los resultados de la investigación.
Experiencia educativa optativa: un curso que eligen el alumno y su director, diferente a los ofertados en el mapa curricular. Tiene la finalidad de reforzar conocimientos específicos relacionados con el proyecto de investigación, así como su formación integral como investigador. Dicha experiencia puede ser exentada mediante la presentación de una constancia que acredite haber impartido un curso de licenciatura. Las fechas de dicha constancia deberán corresponder al semestre cursado. La lista de experiencias optativas que ofrece el Doctorado son las siguientes:
- Animalogos: los animales en una visión integradora desde la biología y la cultura
- Técnicas de biología celular y molecular
- Filosofía e historia de la neurociencia
- Taller de comunicación de la ciencia
Proyecto de investigación: se refiere a los trabajos que desarrolla el alumno dentro de un laboratorio de investigación durante cada periodo. Una parte monográfica se referirá a los avances en la comprensión de la línea de investigación que propone y las lecturas relacionadas (saber teórico, heurístico y axiológico), mientras que la parte de investigación como tal se referirá a los avances en desarrollo del proyecto de investigación propuesto (trabajo de laboratorio). Ambos se desarrollan en colaboración con su director y es quien evaluará el desempeño del alumno durante el semestre. El alumno deberá entregar los avances de su proyecto al menos una semana antes de la fecha de examen y elaborar una presentación oral (de aproximadamente 30 minutos), en donde exponga sus conocimientos y los avances obtenidos en ese periodo. La evaluación de los aspectos mencionados anteriormente proporcionan la calificación del curso de proyecto de investigación (también denominado examen tutorial).