El instituto ha peregrinado desde el Centro de Investigaciones Biológicas inscrito en la estructura del Instituto de Ciencias Básicas, el 22 de septiembre de 1980. Posteriormente la Junta Académica del Instituto de Ciencias Básicas en reunión del 17 de octubre de 1987 ratificó el aval para la separación administrativa de estas dos entidades académicas. Finalmente, el 12 de noviembre de 1992 el rector de la Universidad Veracruzana Lic. Rafael Hernández Villalpando emite el “Acuerdo de transformación del Centro de Investigaciones Biológicas en el Instituto de Investigaciones Biológicas”.