Por cuestiones académicas, administrativas o personales, algunos investigadores y alumnos ya formados terminaron independizándose, incorporándose a otros centros o institutos de investigación y facultades en prácticamente todas las zonas de la Universidad Veracruzana. Destacan los grupos que dieran origen al Parque de la Flora y Fauna Silvestre Tropical, al Instituto de Neuroetología, al Centro de Ecoalfabetización y Diálogo de Saberes, finalmente al Centro de Investigaciones Biomédicas.
El crecimiento de los diferentes grupos de trabajo ha significado la separación de grupos de investigadores, sus equipos y materiales de investigación, bibliografía, incluso terrenos o inmuebles para la investigación. Cada separación implicó un proceso de reorganización interna, redefinición de rumbos y roles por lo que los dos últimos ejercicios de planeación académica, plasmados en los Planes de Desarrollo de la Entidad Académica (PLADEA) 2015-2017 y 2017-2021 han marcado el rumbo de gestión académica para la reorganización y modernización del Instituto sobre tres programas que resultaron fundamentales para la construcción del actual instituto: a) la construcción de un programa de estudios de posgrado, b) el desarrollo de los cuerpos académicos y c) la modernización de los laboratorios y las colecciones biológicas científicas.
