El plan de estudios de la Maestría en Ciencias Biológicas se conforma de 12 cursos organizados en tres áreas de formación, donde se otorgan 104 créditos en total.

Área disciplinar. Está conformada por experiencias educativas multidisciplinarias integradas en las dos LGAC que sustentan el posgrado. Éstas se distribuyen en los semestres del primero al tercero y contribuirán a la comprensión de los conocimientos base para entender los fenómenos biológicos en contextos bioculturales.

Área de investigación. Representada por cuatro Seminarios de Investigación, uno por semestre, en los cuales se llevará a cabo la revisión continua del trabajo de tesis, en estrecha comunicación entre el catedrático responsable del Seminario de Investigación con el director de tesis y con los otros miembros del comité tutorial que puede incluir hasta cuatro asesores internos o externos de diversas disciplinas adscritos a universidades nacionales y extranjeras. Por otra parte, esta área incluye a la experiencia educativa Procesos de Investigación, para apoyar las fases del desarrollo de la investigación que abordarán los alumnos, en un sentido cuantitativo y cualitativo, para la elaboración de su trabajo de tesis.

Área optativa. Esta área tiene el objetivo de fortalecer los trabajos de tesis y la formación integral e interdisciplinaria de los estudiantes a fin de mejorar las herramientas de competitividad de los egresados; está contemplada en los semestres del uno al tres. El estudiante tomará experiencias educativas y/o realizará actividades con conocimiento multidisciplinario, ofertadas tanto en la Maestría en Ciencias Biológicas como en otros posgrados e instituciones nacionales e internacionales. Para el caso de movilidad estudiantil (estancia de investigación) tendrá un valor de 6 créditos y 45 horas. En estas experiencias educativas y actividades se revisarán de manera particular las tendencias actuales del trabajo de investigación de las ciencias biológicas .