Cada aspirante al programa de posgrado del Instituto de Neuroetología, debe de presentar un protocolo de investigación afín al área de la Neuroetología (y que será su tema de tesis) y contar con el respaldo de un director de tesis con experiencia en el tema (se solicita curriculum vitae). El protocolo se expone por el estudiante por medio de un comité, conformado por tres académicos, en donde hay al menos un integrante del NAB y un profesor externo, y el coordinador del programa. En esta sesión se analizan diversos aspectos del proyecto como la relevancia, factibilidad, materiales y métodos, cronograma de actividades y afinidad del protocolo hacia alguna de las tres LGAC del posgrado. Los miembros del comité cuentan con un formato de evaluación, que permite homogeneizar los criterios de evaluación del protocolo.
Se hace una evaluación oral, y el aspirante tiene que exponer su proyecto de investigación, para ello, cuenta con un tiempo de 20 minutos. Cada académico cuenta con un formato que permite identificar la pertinencia, el impacto del proyecto y la factibilidad del proyecto, se considera la defensa del aspirante a las preguntas y, se hace una revisión del expediente del aspirante y de su impacto académico (acta de examen de grado, título, certificado de estudios con promedio y curriculum vitae). Todos los académicos y aspirantes reciben vía electrónica la calendarización de las presentaciones de sus proyectos de investigación con al menos dos semanas antes que inicien las evaluaciones. Las presentaciones y entrevistas se hacen en la plataforma Skype.
Todos los aspirantes presentan el EXANI III, el cual se hace en línea y la ponderación para este examen es del 10%, siendo el 90% el total obtenido en la evaluación escrita y oral. Cabe destacar, que en servicios escolares, se asigna el resultado del EXANI y se hacen las ponderaciones, y es a través de las páginas oficiales de la Universidad que se hacen públicos los resultados.