Sector Académico
- Los egresados podrán desempeñarse como personal de apoyo calificado en grupos de investigación de Centros de Investigación SEP-CONAHCyT o Instituciones de Educación Superior.
Sector Privado
- La industria manufacturera es uno de los principales sectores productivos en los que los egresados podrán desempeñarse profesionalmente. Por el entrenamiento que contempla el programa de estudios de la Maestría de Química Bioorgánica en las diversas técnicas modernas de química analítica, en tópicos de química, productos naturales y biología, así como por las herramientas metodológicas para abordar y resolver problemas, el egresado estará capacitado para desempeñarse en la industria farmacéutica y de fitofármacos, en las industrias de alimentos, agroquímicos, cosméticos y perfumería, apoyando proyectos de micro, pequeños o grandes productores.
Sector Público
- La petroquímica, así como las Comisión Nacional del Agua (CNA), Secretaría de Agricultura y Recursos Pesqueros y Agropecuarios (SAGARPA), Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) así como los Laboratorios Forenses requieren también personal con iniciativa y capacitado en las diferentes áreas que comprende la Maestría en Química Bioorgánica, que contribuya al análisis y resolución de los problemas que enfrenta la entidad y la región Sur Sureste en materia de calidad del agua, contaminación de suelos, aire y recursos hidrológicos, para participar en la elaboración de planes de desarrollo sustentable en equipos multidisciplinarios o contribuir de manera indirecta a la impartición de justicia a través del trabajo pericial en un laboratorio, así como también en la elaboración de productos derivados del petróleo.
Sector Salud
- De manera natural, por su conocimiento en bioquímica, en química medicinal, orgánica, analítica y biología celular, el egresado de la Maestría en Química Bioorgánica podrá desempeñarse también en la Secretaría de Salud y el Instituto Mexicano del Seguro Social.
