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Los académicos de la Maestría en Química Bioorgánica llevan a cabo proyectos en estrecha colaboración con diferentes instituciones, realizando estancias de investigación, con el objeto de intercambiar conocimientos, así como también de compartir los recursos humanos e instalaciones, tanto de la Universidad Veracruzana como de dichas instituciones:
- Baylor University, en Estados Unidos.
- Benemérita Universidad Autónoma de Puebla.
- Centro de Investigación Científica de Yucatán, A. C.
- Centro Médico Nacional Siglo XXI, IMSS.
- Laboratorio Nacional de Cómputo de Alto Desempeño.
- Laboratorio de Salud Pública del Estado de Veracruz.
- Instituto Mexicano del Petróleo (Diciembre 2013 – Diciembre 2019).
- Instituto Nacional de Ecología.
- Instituto Politécnico Nacional.
- Instituto Tecnológico de Veracruz.
- The University of Iowa, en Estados Unidos.
- The University of East London, en Inglaterra.
- Universidad Autónoma de Campeche.
- Universidad Autónoma de Yucatán.
- Universidad Autónoma del Estado de Morelos.
- Universidad Autónoma Metropolitana – Iztapalapa.
- Universidad Autónoma Metropolitana – Xochimilco.
- Universidad de Guadalajara.
- Universidad de Sonora.
- University of Wisconsin, en Estados Unidos.
- Vlaamse Instelling voor Technologisch Onderzoek, VITO (Instituto Flamenco de Investigación Tecnológica), en Bélgica.
