El Instituto de Ciencias Marinas y Pesquerías se ubica en la ciudad de Boca del Rio, Veracruz, e inició actividades en mayo del año 2000 como la Unidad de Investigación de Ecología de Pesquerías, recibiendo el 10 de julio del 2009 la categoría de Instituto. Durante sus primeros cuatro años estuvo operando en la planta baja del edificio del Instituto de Investigaciones Psicológicas, ubicado en Dr. Luís Castelazo s/n, Col. Industrial Animas, en Xalapa, Veracruz.
La misión del ICIMAP es abordar de manera integral la investigación de excelencia académica y de frontera en tópicos relacionados con el medio ambiente acuático, los recursos pesqueros y su explotación. De igual forma se pretende formar recursos humanos especializados, tanto en el nivel técnico, de toma de decisiones y especialmente de posgrado. Procedentes de distintas instituciones a través de la docencia especializada, la tutoría directa y la difusión, se pretende facilitar y formalizar la transferencia y comprensión de la información y problemática de los componentes del proceso pesquero. Finalmente se pretende aplicar el conocimiento básico generado en las líneas de investigación a fin de racionalizar el aprovechamiento de los recursos y utilizar la información generada por su explotación.